Das Kantonsspital St.Gallen ist schweizweit das einzige nicht-universitäre Spital mit einem hochstehenden Leistungsausweis in der Forschung. Allein im Jahr 2019 haben die mehr als 85 habilitierten Mitarbeitenden, die vor allem im klinischen Bereich forschen, mehr als 400 Publikationen veröffentlicht. Das Medizinische Forschungszentrum des Kantonsspital umfasst folgende Einheiten:
Im Bereich Forschung ist das Kantonsspital St.Gallen bestens vernetzt. Das Kantonsspital ist Gründungsmitglied der Swiss Clinical Trial Organization, die nationale und internationale Multizentrumsstudien koordiniert, und hat eine wichtige Position in der Schweizerischen Arbeitsgemeinschaft für Klinische Krebsforschung. Die Forschenden am Kantonsspital werben jährlich etwa 10 Millionen Franken an Drittmitteln für die Forschung und Weiterbildung ein, unter anderem vom Schweizerischen Nationalfonds, Innosuisse, dem Europäischen Forschungsförderungsprogramm oder dem Human Frontiers Programm.
